超14万种肠道病毒“出土”，人类肠道病毒的关键作用是什么？

Science daily

虽然十二指肠薄生命体群近年来被选为了量化首选，但是我们对它们的了解依然有很多空白的地方，比如涉及到十二指肠传染，我们了解的就更为少了。

传染是同一时间数量最少的生命体虚拟，在人类文明十二指肠自然环境中所也不例外。2月18日，Wellcome Sanger和EMBL-EBI量化所的量化技术人员在《细胞》（Cell）上发布的一项重磅量化，挖掘出了生活在人类文明十二指肠中所的14万余种传染，其中所一半以上的传染基本上从未见过。这个挖掘出为科学家十二指肠传染与菌株的关连以及它们如何受到影响人类文明心理健康开辟了新的量化途径。

DOI：https ：//doi.org/10.1016/j.cell.2021.01.029

生理十二指肠中所长期存在的大多数传染是细菌。量化技术人员用作祥蛋白质两组学方法，对28060个公共人类文明十二指肠元蛋白质两组和从人类文明十二指肠培养的2898个菌株分离蛋白质两组中所挖掘出的传染类群的生命体关键性性来进行归纳，获得了人类文明十二指肠细菌关键性性的全盘镜像。

目前最完整的人类文明十二指肠细菌序列数据库

这一设想包含了十二指肠细菌的菌株寄生虫分配和寄生虫范围、人类文明生活方式为与细菌类型的当今世界十二指肠栖息于等内容。同时，量化技术人员挖掘出了一个新的倾斜度大行其道的支系，即两两组被并不认为有主导始祖的传染，并将其起名为Gubaphage。这是目前挖掘出的人类文明十二指肠中所第二大大行其道的传染支系，位列2014年挖掘出的crAssphage。

Gubaphage是十二指肠中所非常普遍的演化粗

细菌演化粗的挖掘出是人类文明十二指肠中所倾斜度大行其道细菌的又一类似于例子，对其进一步培养和来进行程序量化，可以帮助我们更为好地了解其在人类文明十二指肠肠道中所的作用。

同时，这个量化再次告诉我们，并非所有的传染都是有害的，有时它们代表了十二指肠生态该系统不可或缺的两组成外。因为量化中所的检验主要来自心理健康生物体，他们没有任何相同的结核病。同时，挖掘出的大多数传染都以DNA作为遗传物质，这与大多数人所熟知的病原体不同，如SARS-CoV-2或寨卡传染等，它们是RNA传染。因此可以肯定，人类文明十二指肠传染蛋白质两组具有稳定、典型、倾斜度生物体化的特征。

该量化的低级细菌量化亦然在经历一场革新。这个高质量、大规模的人类文明十二指肠传染目录却是亦然是时候，可以作为监督今后传染体量化的地理学和演化量化的设想。”

人类文明十二指肠是一个令人难以置信的生命体关键性性自然环境。众所周知，我们十二指肠薄生命体两组的失衡会加剧结核病和复杂的情况下，如瘙痒性肠病、过敏症和肥胖症。但对于我们的十二指肠菌株以及传染它们的传染（细菌）在人类文明心理健康和结核病中所所扮演着的角色，人们了解得相对较少。外因素是由于用作当前的祥蛋白质两组学和生命体信息学计划和技术量化长期存在局限性。此前，人类文明十二指肠传染被特指“传染电磁辐射”，因为其归纳长期存在倾斜度生物体差异，传染数据库大多不完整。

随着更为多量化的浮现，人类文明十二指肠传染多种哺乳类群已被并不认为与心理健康有关，除此以外在营养不良和通气突变中所起作用，例如在HIV高血压的不堪重负免疫缺陷和瘙痒性肠病（IBD）等结核病。科学家并不认为，人类文明十二指肠传染主要通过偏离菌株关键性性和加强低水平蛋白质转移在重塑十二指肠生态该系统中所起着关键性作用。

2019年，来自美国耶鲁医学院的量化技术人员用两两组相符的人类文明十二指肠共生菌对果蝇来进行定殖后，并通过同源裂解细菌取食。量化推断，细菌取食不仅直接受到影响易感菌，而且通过菌株间的相互作用加剧对其他菌株种类的连带受到影响。这些果蝇的排泄物激素两组学阐释了果蝇十二指肠薄生命体群中所的细菌取食可以通过偏离参加肠胃生产成本和回肠收缩等关键性功能的关键激素物的低水平来潜在地受到影响哺乳哺乳类寄生虫。

细菌在果蝇数学模型中所对十二指肠肠道和激素两组的特性通气。Cell Host & Microbe，DOI：https ：//doi.org/10.1016/j.chom.2019.05.001

当十二指肠传染哺乳类群失衡时，有可能意味着结核病的浮现。也有令人信服的证明表明细菌参加了几种结核病。例如，在一项关于IBD高血压肠道归纳多样度的量化挖掘出，与心理健康对照两组相比，IBD高血压排泄物检验中所的Faecalibacterium prausnitzii（一种通常在IBD生物体中所耗竭的菌株）的原细菌更为普遍或更为多样，这表明这些细菌有可能在结核病病理生理学中所缺少。IBD与传染两组之间的这种关连也不仅限于人类文明量化。曾有哺乳类实验推断，在果蝇结肠炎中所，十二指肠细肠道落发生了类似于人类文明IBD高血压中所观察到的化学物质演进，挖掘出结肠炎哺乳类的细肠道落关键性性下滑，细菌子集扩大。

关于各种结核病状态下人类文明十二指肠传染体变化的外量化。Studying the gut virome in the metagenomic era: challenges and perspectives.

传染是十二指肠稳态和瘙痒的关键性通气器。在这方面，关于传染体能够性刺激持续的经常性突变，而不引起任何显著的症状的能力已经被则有，适用范围于一些该系统性传染，除此以外疱疹传染和多瘤传染，以及一些生物体中所的乙肝病毒（HBV）和丙肝（HCV）传染。有证明表明，细菌也有可能与人类文明免疫该系统直接相互作用。例如，施打给药的细菌在体内转位到该系统两组织中所，在那里会有先天性和可操作性突变。

然而，人们对细菌引起先天性抗传染突变的程序知之甚少。细菌与免疫该系统相互作用的有可能程序是通过它们与菌株薄生命体两组的关联。一些菌株细菌将共生菌作为自身蛋白质两组的载体，在特定条件下，如免疫缺陷等意味着，诱导细菌颗粒的解读，可被免疫该系统探测到。其他细菌通过诱发能够；也病原体、大肠杆菌、志贺氏菌和霍乱弧菌等薄生命体中所脂多糖（LPS）的O-免疫化学物质的蛋白酶来通气菌株的免疫性。

因此，需要注意的是，尽管许多结核病推断与各种细菌有关，但要相符本质却极其十分困难。此外，在这些关联量化中所，根本无法相符薄生命体两组和传染体的偏离是结核病的因素还是结果。

目前，世界各地的量化技术人员亦然着手量化人类文明十二指肠薄生命体两组中所的古菌、真菌、寄生虫，以及传染和菌株。人类文明十二指肠细菌关键性性设想的浮现，或许对量化人类文明十二指肠中所的薄生命体哺乳类群如何受到影响人类文明心理健康和结核病极为有用。而就在2020年7月，EMBL–EBI的量化技术人员在《自然生命体技术》（nature biotechnology）上同样发布了一份无与伦比的人类文明十二指肠生态该系统表，从人类文明十二指肠中所的4600多种菌株中所。今后我们需要做的，就是把两份设想联络上去，揭开十二指肠传染、菌株间的联络。

来自人类文明十二指肠薄生命体两组的204938个参考蛋白质两组的为统一目录。A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome.

总之，十二指肠薄生命体两组设想的素描是该量化领域的关键性创举事件，将被选为科学家开始量化并希望了解每个薄生类群在人类文明十二指肠生态该系统中所作用的宝贵能源。希望我们能在今后阐明传染、菌株等薄生命体群与寄生虫心理健康和结核病之间确切关连。